L’allestimento si propone di valorizzare l’altissima qualità pittorica delle opere di Raffaello tramite l’uso del colore, la modulazione della luce e l’integrazione con le opere. Il percorso espositivo si dispiega come un “racconto” che ricompone in una generale omogeneità narrativa, ed in un continuo dialogo le numerose opere esposte con la qualità architettonica del Palazzo Ducale di Urbino.

L’allestimento si compone di volumi, scavati da nicchie, all’ interno delle quali vengono posizionate le opere per essere affidate alla visione ravvicinata e intima dello spettatore. I volumi si dispiegano all’interno delle sale e si distaccano dal pavimento, amplificando la superficie espositiva ed esaltando il rapporto con il luogo. Il colore è centrale nel progetto e deriva da una attenta analisi del cromatismo del primo cinquecento ed in special modo dei paesaggi raffaelleschi.

L’illuminazione si fonda su un delicato contrappunto tra una minimale atmosfera d’ambiente, che esalta contenitore storico, ed un’illuminazione concentrata sulle opere. Grazie ad un sistema di climatizzazione e di controllo dell’umidità gli ambienti sono stati adeguati agli standard internazionali di conservazione delle opere d’arte.