Il museo si trova al primo piano, in un’area in parte già dedicata al Diocesano fino al sisma del 1998, ma oggi ormai insufficiente ad accogliere tutte le opere a disposizione. Il percorso espositivo ha inizio nel corridoio a destra dello scalone monumentale, divenuto Lapidario, prosegue nella prima ampia sala rettangolare e nel secondo più piccolo salone coperto da una volta a padiglione con unghie (questi due ambienti sono i più ampi e caratteristici ed ospiteranno le opere di maggiori dimensioni).

Si sviluppa poi in altre sale di minori dimensioni e qualità architettonica: le due salette di testata e l’ampia sala a capriate del corpo aggiunto su Vicolo Agnolo Camerte. In questo stesso corpo sono organizzati gli uffici, i servizi igienici e la scala di sicurezza e l’ascensore che mette in collegamento le sale espositive con il deposito del museo, al piano ammezzato, e permette l’accesso ai disabili dal vicolo Agnolo Camerte. E’ stato previsto un altro ascensore di fronte allo scalone monumentale che dal piano terra conduce fino al piano secondo, per permettere l’accesso al Museo che avrà un uso pubblico e privato. La scelta della posizione dell’ascensore è stata quasi obbligata, infatti, la presenza delle volte a crociera al piano terra e al primo piano e di un affresco settecentesco al primo piano non ha lasciato spazio a diverse soluzioni.